Церковь святого пророка Илии в селе Пруссы – один из старейших приходских храмов Коломенского района, сохранившийся до настоящего времени. Ильинский храм - памятник зодчества XVI в., небольшой шатровый храм, близкий по облику к Успенской церкви Брусенского монастыря. Вероятно, выстроен на средства Шереметьевых. Первое документальное свидетельство о храме встречается в писцовых книгах Коломенского уезда 1577-1578 годов: «село Прус, под ним пруд, а в селе церковь Пророка Илии каменна».

Четверик Ильинского храма частично переделывался в 60-х годах XVII века. В конце XVIII – начале XIX века ансамбль церкви дополнился кирпичной трапезной. В 1861 году построена деревянная колокольня.

В 1872 году в трапезной устроен придел в честь святого преподобного Сергия Радонежского.

В 1887 году проводились работы по обновлению и укреплению здания Ильинского храма. В 1891 году сооружена каменная ограда. В начале XX века в приходе действовала церковно-приходская школа, предоставлявшая начальное образование местным жителям.

5 мая 1922 года в ходе кампании советского правительства по изъятию церковных ценностей храм лишился небогатой церковной утвари весом 5 фунтов 46 золотников (2 кг 244 гр) серебра.

В 1925 году при церкви действовала община из 25 человек. Известно имя последнего настоятеля – священник Виктор Федорович Маслов.

В 30-е годы XX века Ильинский храм закрывается, трапезная с Сергиевским приделом и колокольня сломаны. 

В 1990-х храм был возращен верующим в аварийном состоянии.

В 2007 г. начаты восстановительные работы: проведены комплексные научные исследования, в 2008 г. завершена подготовка проектной документации. В 2008-2009 г.г. в процессе ремонтно-восстановительных работ возведены укрывающие конструкции, отреставрирована кирпичная кладка карниза, но в 2009 г. работы были заморожены.  

Весной 2015 года в Благотворительный Фонд Московской епархии по восстановлению порушенных святынь поступила заявка от настоятеля Ильинского храма на возобновление ремонтно-восстановительных работ. В связи с неактуальностью результатов инженерных изысканий, проведенных в 2007-2008 г.г., а также пребыванием Ильинского храма в состоянии консервации без компетентной технической эксплуатации, для возобновления ремонтно-восстановительных работ потребовалась актуализация проектно-сметной документации.